Внаслідок дезінфекції інкубаційних та харчових яєць озоном досягається високий рівень знезараження шкаралупи від різних видів мікрофлори, у тому числі від сальмонел. Застосування інших засобів для знезараження яєць небезпечне для здоров’я: формалін канцерогенний, хлор дає побічні ефекти, багато миючих препаратів містять ПАР і мають кумулятивну дію. У зв’язку з цим для знезараження харчових яєць на сьогоднішній день найкращим засобом є обробка їх озоном.

Стимуляція ембріонального розвитку: обробка яєць озоном (~10мг/м3) підвищує виведення молодняку ​​з подальшою життєздатністю. У процесі інкубації яєць у замкнутому просторі інкубатора виникає можливість кисневого голодування ембріонів, а відсутність природного фону аероіонів знижує газообмін. Озон як похідна кисню, будучи первинним аероіоном, покращує повітряне середовище в інкубаторі і, проникаючи крізь шкаралупу, живить ембріони киснем.

В даний час застосування озону для дезінфекції яєць запроваджено більш ніж на 150 птахівничих підприємствах із загальним річним обсягом інкубації понад 300 млн. яєць.